„Археолошкиот локалитет претставува сведоштво со релевантно значење од гледна точка на археологијата и воопшто културата од античкиот период, поради тоа заслужува да биде предмет на вреднување и ставање под одреден режим на заштита.Локалитетот треба да биде заштитено како културно наследство од особено значење поради тоа што исполнува неколку критериуми за тој статус; се одликува со археолошки содржини кои ги поседува, архитектонските концепти и декоративните елементи сочувани во нив, уметничкиот израз на единствените подни мозаици кои севкупно ја одредуваат научната и културната вредност и функција.Трите базилики и подните мозаици во нив се вистински ремек дела на старохристијанаската уметност, се наведува во образложението на Управата за заштита на културното наследство, на чиј предлог Хераклеја е прогласена за културно наследство од особено значење, 

Во одлуката на Владата на РМ донесена на деншената седница се наведува:

Со прогласување на Археолошкиот локалитет Хераклеја за културно наследство од особено значење, поткатегорија големо значење, се овозможува:

• трајно зачувување на Споменичката целина во изворна состојба;
• создавање на поволни услови за опстанок на Споменичката целина и задржување на интегритетот на сите податоци што тој ги носи со себе како сведоштво;
• ширење на сознанијата за вредностите и значењето на Споменичката целина и за неговата улога во културната идентификација;
• оспособување на Споменичката целина според неговата намена и значење, заради задоволување на културните, научните, едукативните, естетските, верските, економските, туристичките и другите потреби на граѓаните и општеството и
• спречување дејствија, појави и влијанија со кои се врши или може да настане оштетување или деградирање.

Со одлуката се увтрдува режим на заштита од прв, втор и трет степен, во зависност од важноста на објектите. За целата споменична целина, пак, се предвидени и други мерки на заштита, како што е вклучување на локалитетот Хераклеја во соодветни просторни и урбанистички планови, поставување ознаки според прописите за заштита на културното наследство, безбедносна заштита од пожари и природни непогоди, обезбедување достапност до јавноста, презентација и популаризација на споменичната целина.

Инаку археолошкиот локалитет Хераклеја Линкестис е прогласен за споменик на културата во 1950 година, а по 68 години оваа споменична целина добива категоризација споменик на културата од особено значење, во поткатегорија големо значење, со што се подига степенот на заштита на локалитетот

Хераклеја Линкестис е градска населба основана кон средината на IV век пред н.е. од страна на кралот Филип II Македонски, како важен стратегиски пункт. Се наоѓа на јужната периферија на градот Битола, во подножјето на планината Баба.